Forskningsassistent inom in-cell-NMR av RNA-dynamik

Om jobbet

Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi (IMBIM) vid Uppsala universitet utgör en bred internationell miljö för forskning och undervisning. Vid IMBIM bedrivs grundforskning inom biokemi, cell- och molekylärbiologi, tumörbiologi, jämförande genetik, funktionell genomik, immunologi, bakteriologi, och virologi. Institutionens forskning är huvudsakligen grundläggande, men har i sin tillämpning tydlig koppling och betydelse för hälsa och sjukdom hos såväl djur som människor. En närmare beskrivning finns på Forskning – Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi – Uppsala universitet.

Anställningen är placerad i Petzold-gruppen, som studerar RNA:s struktur, dynamik och funktion med NMR-spektroskopi, kemisk probning och beräkningsbaserade metoder.

Projektbeskrivning

Projektet syftar till att förstå hur RNA:s struktur och dynamik bidrar till genreglering i den cellulära miljön. Särskilt fokus ligger på att utveckla och tillämpa in-cell-NMR för att kvantifiera RNA:s konformationsdynamik, inklusive utbytet mellan grundtillstånd och exciterade tillstånd, direkt i levande mänskliga celler. Med utgångspunkt i enzymatisk cirkularisering av RNA, för att motverka intracellulär nedbrytning, samt i optimerad relaxationsbaserad datainsamling (selektiv excitation, SOFAST och R1ρ-relaxationsdispersion), ska projektet kartlägga hur den cellulära miljön formar den strukturella ensemblen hos biologiskt relevanta RNA-molekyler.

Arbetsuppgifter

Arbetet är huvudsakligen experimentellt (laboratorie- och NMR-arbete) och innefattar:

• Framställning och rening av isotopmärkta RNA- och DNA-prover för NMR (in vitro-transkription, storskalig produktion samt enzymatisk cirkularisering av RNA-hårnålar)
• Införande av nukleinsyror i mänskliga cellinjer (t.ex. elektroporering) och beredning av in-cell-NMR-prover, inklusive kontroller för cellviabilitet och läckage (supernatantkontroll)
• Insamling och optimering av lösnings-NMR-experiment för nukleinsyror, inklusive imino proton-detektion med selektiv excitation/SOFAST och mätning av longitudinell relaxation (selT1)
• Mätning av RNA-dynamik med 1H- och 15N-R1ρ-relaxationsdispersion för att kvantifiera populationer, utbyteshastigheter och kemiska skift för exciterade tillstånd, in vitro och in-cell
• Kvantifiering av intracellulär nukleinsyrakoncentration och subcellulär lokalisering
• Bearbetning, kurvanpassning och analys av relaxations- och dispersionsdata
• Dokumentation och presentation av resultat

Arbetet sker i nära samarbete med experimentella och beräkningsinriktade forskare i gruppen.

Kvalifikationskrav

Den sökande ska ha en masterexamen inom strukturbiologi, biofysik, biokemi, kemi, molekylärbiologi eller närliggande område. Dokumenterad praktisk erfarenhet av biomolekylär NMR samt av framställning av RNA- och/eller DNA-prover för strukturstudier krävs.

• Erfarenhet av in-cell-NMR av nukleinsyror
• Erfarenhet av RNA-dynamik, relaxationsdispersion (R1ρ) och analys av exciterade tillstånd
• Erfarenhet av enzymatisk RNA-produktion och cirkularisering samt isotopmärkning
• Erfarenhet av däggdjurscellodling och elektroporering/transfektion
• Vana vid NMR-pulssekvenser och dataanalys (t.ex. TopSpin, kurvanpassning)
• Vetenskapligt skrivande och publikationer

Den sökande ska vara analytisk, noggrann och ha god samarbetsförmåga. Mycket goda kunskaper i engelska, i såväl tal som skrift, krävs.

Om anställningen

Tidsbegränsad anställning t.o.m. 2027-08-31. Omfattning på heltid. Tillträde snarast eller enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala.

Upplysningar om anställningen lämnas av: Professor Katja Petzold, [email protected].

Välkommen med din ansökan senast den 28 augusti 2026. UFV-PA 2026/2237

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Det yttersta målet är att bedriva utbildning och forskning av högsta kvalitet och relevans för att göra skillnad i samhället. Vår viktigaste tillgång är alla 7 500 anställda och 53 000 studenter som med nyfikenhet och engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser.

Läs mer om våra förmåner och hur det är att jobba inom Uppsala universitet

https://uu.se/om-uu/jobba-hos-oss/

Anställningen kan komma att säkerhetsprövas. Vid säkerhetsprövning är en förutsättning för anställning att sökande blir godkänd.

Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp.

Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem.

Fackliga företrädare: Saco-S - [email protected], Seko - [email protected], ST (OFR/S) - [email protected]

Öppen för alla Vi fokuserar på din kompetens, inte dina övriga förutsättningar. Vi är öppna för att anpassa rollen eller arbetsplatsen efter dina behov.